Filipiny Do 1948 roku pomagał odbudować armii Filipin służby wywiadowcze oraz był odpowiedzialny za rozwiązywanie sprawy jeńców wojennych. Po opuszczeniu Filipin w 1948 roku pracował jako instruktor w Szkole Wywiadu Strategicznego mieszczącej się w Bazie Lotniczej Lowry w stanie Kolorado, gdzie otrzymał w 1949 roku tymczasową promocję na podpułkownika.
W 1950 roku prezydent Elpidio Quirino złożył osobiście wniosek o oddelegowanie Lansdale’a do wspomagania służb Filipin w zwalczaniu lewicowego ruchu partyzanckiego Hukbalahap. Nowo wybrany sekretarz obrony narodowej, Ramon Magsaysay, mianował Lansdale’a swoim oficerem łącznikowym. Współpraca Lansdale’a z Magsaysayem stopniowo przerodziła się w przyjaźń; obydwoje często odwiedzali razem rejony w których były prowadzone walki. Lansdale’a pomógł filipińskim siłą zbrojnym opracować założenia wojny psychologicznej, a także w rehabilitacji więźniów Hukbalahapu w projekcie „EDCOR”. Został awansowany do stopnia pułkownika w 1951 roku.