Od 1997 do 2001 ponownie zasiadał w niższej izbie polskiego parlamentu jako poseł na Sejm III kadencji (wybrany z ramienia Akcji Wyborczej Solidarność). W październiku 1997 wszedł w skład rządu Jerzego Buzka, obejmując stanowiska ministra bez teki i kierownika Rządowego Centrum Studiów Strategicznych. W trakcie urzędowania głosił poglądu niezgodne z programem gabinetu, w tym ministra finansów Leszka Balcerowicza. W październiku 1999 bez konsultacji ogłosił własną prognozę makroekonomiczną (obejmującą m.in. inflację wyższą niż zakładana przez rząd), co m.in. negatywnie wpłynęło na kurs złotego. W konsekwencji został przymusowo urlopowany przez premiera Jerzego Buzka (do grudnia 1999). Przewodniczył następnie polskiej delegacji na specjalnej sesji Zgromadzenia Ogólnego ONZ poświęconej kwestiom dotyczącym kobiet. W czerwcu 2000 został powołany na urząd ministra rozwoju regionalnego i budownictwaPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 16 czerwca 2000 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów ()., który sprawował do końca funkcjonowania gabinetu w październiku 2001Postanowienieprezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 19 października 2001 r. o przyjęciu dymisji Rady Ministrów ((..