Na czas wojny szkoła została zamknięta, zaś profesorowie zostali aresztowani przez Wehrmacht. Kiedy Suwałki w dniu 23 listopada 1944 zostały wyzwolone spod okupacji niemieckiej, szkoła w niedługim czasie wznowiła działalność, tym razem jako placówka koedukacyjna. Po roku 1948 w związku ze zmianami w szkolnictwie wprowadzanymi przez władze ludowe szkoła przemianowana została na liceum ogólnokształcące. W czerwcu 1957 odbył się pierwszy po wojnie zjazd absolwentów, podczas którego odsłonięto pamiątkową tablicę poświęconą poległym profesorom i uczniom. W październiku tego samego roku koedukacyjnemu liceum nadano imię Marii Konopnickiej, a Rota staje się jego hymnem. W październiku 1959 r. Komitet Rodzicielski i mieszkańcy Suwalszczyzny związani duchowo ze szkołą ufundowali sztandar. Liceum uhonorowano również Medalem Tysiąclecia Państwa Polskiego, w związku z obchodami rocznicowymi w 1966 roku. Grudzień 1973 jest miesiącem, w którym szkoła ponownie otrzymuje odznaczenie – Medal Komisji Edukacji Narodowej.