Historia Sanktuarium Mỹ Sơn zostało ufundowane przez króla Bhadrawarmana I i poświęcone Śiwie nazywanemu tutaj BhadreśwaraHistoria Czampy w klasycznym ujęciu, wraz z tekstami i tłumaczeniami inskrypcji przedstawiona jest w pracy R. C. Majumdar, ANCIENT INDIAN COLONIES In the FAR EAST. Vol. I. CHAMPA. The Punjab Sanskrit Book Depot, LAHORE, 1927. Pierwsza świątynia była najprawdopodobniej zbudowana z drewna, o czym świadczy inskrypcja z VII w. według której budowla spłonęła. Nową świątynię, już z cegły, poświęconą Śiwie Śambhubhadreśwarze ufundował król Sambhuvarman (świątynia „A1”). W IX i X w. znaczenie sanktuarium nieco się zmniejszyło po wprowadzeniu w Czampie buddyzmu mahajana. W pobliżu powstało założone w 875 r. przez króla Indravarmana II sanktuarium buddyjskie Đồng Dương. Mimo tego Sanktuarium Mỹ Sơn powiększało się o nowe świątynie i do XV w. służyło królom Czampy za miejsce kultu. Po zajęciu Amarawati przez Wietnamczyków w 1471 r. sanktuarium podupadło i zostało z czasem wchłonięte przez dżunglę. thumb|left|Świątynia „A1”. Diagram wykonany przed zniszczeniem świątyni W 1898 r. odkryte przez ruiny zainteresowały francuskich archeologów z Francuskiej Szkoły Dalekiego Wschodu.