7 osób, w tym proboszcz Władysław Brzóskowski, wójt i działacz społeczny Brunon Gliszczyński, komendant Straży Pożarnej Piotr Kontek zostało rozstrzelanych w 1939 w Dolinie Śmierci pod Chojnicami Utworzony okręg Gdańsk-Prusy Zachodnie wraz z Swornegaciami zostały anektowane do III Rzeszy, wieś została włączona w skład gminy Grosskornlage (Konarzyny). W okolicy Swornegaci działał i ukrywał się oddział partyzancki Gryfa Pomorskiego, Władysława Jakusza Gostomskiego (12 osób). W wyniku niemieckich obław zginęło kilku członków tej grupy, w tym Jakusz, powiązane z nimi osoby wysłano do obozów. Wielu innych mieszkańców Swornegaci straciło życie, wśród nich osoby wcielone do Wehrmachtu, które zmarły na froncie lub w obozach radzieckich, a także cywile zabici po wkroczeniu Armii Czerwonej, część z osób upamiętnia tablica umieszczona na ścianie kościoła parafialnego. W sierpniu 1943 wieś znalazła się w obrębie nowo budowanego poligonu . Z tego powodu wysiedlono mieszkańców wsi pozostawiając na miejscu rybaków, obsługę poligonu oraz ludność niemiecką. 14 rodzin rolniczych (204 osoby) trafiło do obozu w Potulicach, skąd wywieziono je na roboty do Rzeszy.