Ołtarz główny thumb|Ołtarz główny Rozbudowany, barokowy ołtarz główny wykonany z marmuru w latach 1744–1747 ma formę aedikuli zwieńczonej szczytem z wyobrażeniem Oka Opatrzności, flankowanym przez ćwierćkoliste naczółki. Ołtarz zdobią cztery kolumny dźwigające łamane belkowanie. W centrum wisi obraz Ukrzyżowanie, sprowadzony z Wiednia w 1836, a powyżej ozdobny kartusz podtrzymywany przez putta. Przy kolumnach stoją figury nadnaturalnej wielkości z różnokolorowego stiuku, przedstawiające patronów zakonu: św. Stanisława Kostkę, św. Ignacego Loyolę, św. Franciszka Ksawerego i św. Alojzego Gonzagę. Nad ołtarzem umieszczony jest hebanowy krucyfiks z 1616, wykonany prawdopodobnie przez Jana Pfistera.
Ołtarze boczne W nawach bocznych znajduje się osiem rokokowych ołtarzy bocznych z licznymi rzeźbami, ale bez obrazów. Architekt-jezuita Jan Delamars zaprojektował ołtarz św. Ignacego Loyoli dla kościoła (1695)DELAMARS, Dela Mars JAN IGNACY SJ.