Pleban Krzysztof Rzepichowski, nie widząc możliwości utrzymania parafii w rękach katolików, dokonał zupełnego zniszczenia kościoła zamienionego w zbór. Reformacja nie przyjęła się w Bochotnicy, ponieważ już w 1568 szlachta sadurska, która wcześniej założyła zbór, wystąpiła przeciwko plebanowi Rzepichowskiemu oraz Stanisławowi Samborzeckiemu (synowi Mikołaja Samborzeckiego) z powodu zniszczenia kościoła i braku nabożeństw katolickich. W 1593 kościół został odbudowany przez młodego dziedzica Samborzeckiego. Był to kościół drewniany pod wezwaniem Jana Chrzciciela, który spłonął podczas pożaru, którego przyczyna i data nie są znane.
Wiek XVIII i budowa murowanego kościoła Budowa obecnego kościoła rozpoczęła się w połowie XVIII w. przez Felicjana z Targowisk Gałęzowskiego, kasztelana lubelskiego, a ukończył ją następny kolator, Stanisław Małachowski (starosta wąwolnicki). Z lewej strony nawy głównej umieszczono epitafium Marianny z Potockich Małachowskiej zmarłej w 1772 małżonki Stanisława. W 1938 kościół parafialny uznano za zabytkowy. W latach 1956–1962 przy usilnych staraniach ówczesnego proboszcza ks. kan. Aleksandra Miszczuka i ofiarności parafian oraz kuracjuszy nastąpiła konserwacja i rozbudowa świątyni.