Swoją ideę mogła zrealizować po śmierci brata Jana Działyńskiego i przejęciu dóbr kórnickich przez jej syna Władysława Zamoyskiego. W 1881 powróciła do Kórnika i w następnym roku założyła Szkołę Domowej Pracy Kobiet. W 1885, objęta tzw. ustawami bismarckowskimi, została wydalona z Prus jako obywatelka Francji. Przeniosła wówczas szkołę do Lubowli na Spiszu, potem do Kalwarii Zebrzydowskiej, a w 1891 do zakopiańskich Kuźnic, które jej syn nabył w 1889 na licytacji.
Szkoła Jadwigi Zamoyskiej zyskała poparcie władz kościelnych oraz duże zainteresowanie w społeczeństwie. Program nauczania obejmował przede wszystkim wychowanie religijne i zajęcia praktyczne z szycia, haftu i gotowania, ale także zajęcia z rysunków, literatury, geografii, historii Polski oraz naukę śpiewu. Zamoyska publikowała dzieła o tematyce religijno-wychowawczej, m.in. O wychowaniu (1903), przygotowała także do druku pamiętniki męża Jenerał Zamoyski (ukazały się w sześciu tomach nakładem Biblioteki Kórnickiej w latach 1910–1930). Wiele czasu spędzała w Paryżu, w 1919 wizytowała szkołę w Zakopanem.