Pokrycie dachowe wieży oraz sygnaturkę wzniesiono w dwóch etapach. wznoszono kilkuetapowo. Początkowo, w XVII wieku, wykonano hełm blaszanej sygnaturki, natomiast namiotowy dach wieży zachodniej wraz z latarnią, wybudowano w 1732.
Podczas II wojny światowej szkody poniósł cały obiekt, lecz najbardziej zniszczone zostały gwiaździste sklepienie, ołtarz oraz organy. Poważnie uszkodzone były także liczne rzeźby, zdobienia, ornamenty, dekoracje prospektu organowego, który zdobiły pochodzące z 1664 roku i wykonane przez Jerzego Krebsa, malowane wizerunki czterech ewangelistów, a także empora organowa. Po wojnie liczne pozostałości bogatego wyposażenia kościelnych wnętrz, jak rozbite elementy zabytkowej nastawy ołtarzowej, trafiły do zbiorów Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie, gdzie wciąż są rekonstruowane i w miarę możliwości udostępniane na wystawach.
Dzięki zachowanej bogatej dokumentacji historycznej oraz licznym fotografiom i przekazom, w latach 1946–1958 przeprowadzono odbudowę oraz modernizację budowli.
Po oddaniu kościoła do użytku, w latach 50. XX w., zaadaptowano go ponownie na świątynię katolicką. 26 sierpnia 1974 z parafii św. Brunona w Bartoszycach, wydzielono i erygowano parafię św.