Pochodząca z XIX wieku kruchta od północy ma wewnętrzny, ostrołukowy portal z trzema profilowanymi wałkami. Po jego obu stronach ostrołukowe nisze mieszczą płaskorzeźby z terakoty przedstawiające św. Małgorzatę i św. Katarzynę.
Na wewnętrznej południowej ścianie nawy głównej, wisi duży polichromowany późnogotycki krucyfiks, na którym Chrystus posiada wyraźne uszkodzenie ręki, które powstało od uderzenia pioruna w 1579 roku.
Ponadto kościół wyposażony jest w pochodzące z 1651 czynne organy wykonania organmistrza Wernera z Elbląga.
Przy kościele na przełomie XVIII i XIX wieku wzniesiono, także z czerwonej cegły, plebanię.
Ołtarz W protestanckim St. Johanneskirche znajdował się późnorenesansowy, bogato zdobiony, sięgający sklepienia prezbiterium ołtarz, który świadczył o zamożności tutejszej parafii. Uważa się, iż powstał w latach 1650–1660, a jego autorem był pochodzący z Królewca rzeźbiarz Joachim Pffaf, który wykonał również ołtarz dla kościoła w Sępopolu w 1668. Inna teza z kolei podważa tę teorię, gdyż według ksiąg rachunkowych kościoła, ołtarz przywieziono i ustawiono w Bartoszycach dopiero w 1678. Ponadto, wykonanie tego ołtarza stało na dużo wyższym poziomie, niż możliwości ówczesnych pruskich rzeźbiarzy.