W odpowiedzi na interpelację posła Andrzeja Otręby z 21 marca 2000 roku Dyrekcja Przewozów Pasażerskich PKP wykazywała pokrycie kosztów funkcjonowania połączeń kolejowych Jelenia Góra – Mysłakowice oraz Mysłakowice – Karpacz na poziomie 18 procent. Zaznaczono wówczas, że połączenia o pokryciu kosztów wpływami poniżej 20 procent, wobec braku innych źródeł finansowania niż wpływy, są przeznaczone do likwidacji.
Ostatni rozkładowy pociąg osobowy z Karpacza odjechał 2 kwietnia 2000 roku i był prowadzony lokomotywą SP42-001. W późniejszym okresie odbywały się jeszcze przejazdy pociągami specjalnymi. Całkowite zawieszenie ruchu kolejowego na całej trasie nastąpiło zarządzeniem z dnia 23 listopada 2000 roku.
lewo|mały|SP42-001 z pierwszym pociągiem specjalnym z pasażerami na stacji Karpacz po reaktywacji linii z Jeleniej Góry
W 2008 roku budynek dworca przejęło miasto Karpacz, które przystąpiło do wyremontowania zabytku. Od czerwca 2012 roku w budynku znajduje się siedziba Miejskiego Muzeum Zabawek oraz biblioteki miejskiej. W obrębie stacji był również prowadzony sezonowy turystyczny ruch drezynowy.