Jednym z kontrowersyjnych elementów hipotezy czterech źródeł jest postać redaktora, którą dokumentaryści wprowadzili, aby objaśnić w jaki sposób dokumenty łączone były ze sobą. Ponieważ wyróżnione przez dokumentarystów źródła miały być jednolitymi tekstami, ich wewnętrzne niespójności, ujawnione przez coraz bardziej drobiazgowe analizy, trzeba wyjaśniać zakładaniem kolejnych faz redakcji. Jednocześnie brak jest jasności co do kryteriów pozwalających zidentyfikować aktywność redaktora w obrębie tekstu. W rezultacie redaktorzy służą po prostu wyjaśnieniu wszystkich tych problemów, których na gruncie hipotezy źródeł nie można wytłumaczyć inaczej.
Z największą krytyką spotkała się jednak przyjmowana przez dokumentarystów chronologia źródeł oraz ich tożsamość jako samodzielnych, niezależnych i paralelnych dokumentów. Już w 1933 roku P. Volz i W. Rudolph podważyli istnienie źródła uznawanego w ramach hipotezy dokumentów za E, chociaż ich teza początkowo nie spotkała się z akceptacją.. Sam Wellhausen wolał mówić o źródle JE, zakładając, że teksty te połączono w jeden stosunkowo wcześnie i E zachowało się jedynie w szczątkowej formie.