Historia Współcześnie Wiphala stanowi nawiązanie do czasów świetności kultury inkaskiej i symbolizuje dziedzictwo Imperium Inków w Peru i Boliwii. Kwestia, czy Wiphala rzeczywiście była inkaską flagą, jest przedmiotem dyskusji. Jednakże istnieją XVI i XVII-wieczne zapisy w kronikach, potwierdzające używanie tęczowego emblematu przez Inków. Na przykład, Francisco López de Jerez zanotował w 1534 roku: „oni wszyscy są podzieleni na grupy z flagami, w podobnym porządku jak Turcy” (w hiszpańskim oryginale: todos venían repartidos en sus escuadras con sus banderas y capitanes que los mandan, con tanto concierto como turcos). Z kolei kronikarz Bernabé Cobo zanotował:
W książce El primer nueva corónica y buen gobierno z 1615 roku autorstwa Guamana Pomy znajdują się ilustracje przedstawiające różne wzory inkaskich flag. Ponadto niektóre źródła podają, że w 1534 roku podczas ataku na Cuzco i okupacji tego miasta Hiszpanie widzieli w punktach oporu emblematy w siedmiu kolorach tęczy.
Symbolika siedmiu barw Siedem barw współczesnej Wiphali pochodzi od spektrum światła widzialnego.