Podczas wojny kościół nie ucierpiał prawie wcale i wymagał jedynie drobnych remontów i renowacji, które w razie potrzeb przeprowadzano w okresie powojennym. W latach 70. dokonano generalnego remontu wieży kościelnej i wnętrz. W następnej dekadzie dobudowano na terenie przykościelnym dom katechetyczny. W 1998 pod okiem konserwatora zabytków przeprowadzono ostatni gruntowny remont świątyni.
Kościół św. Brunona pozostawał siedzibą jedynej katolicką parafii w Bartoszycach aż do czasu wydzielenia dwóch innych miejskich parafii w latach 70. Z kościoła, do 1982 potajemnie, a później dzięki zgodzie biskupa, korzystała liczna społeczność greckokatolicka.
7 czerwca 2002 r. arcybiskup archidiecezji warmińskiej Edmund Piszcz erygował kościół, nadając mu status archidiecezjalnego Sanktuarium św. Brunona Bonifacego z Kwerfurtu Biskupa i Męczennika.