Działał w społecznym ruchu „Obywatele Nauki”, m.in. jako autor inicjatywy „Więcej dobrej nauki”, a także jako organizator konferencji i warsztatów.

Dorobek naukowy Janusz Bujnicki obecnie specjalizuje się w biologii strukturalnej, w szczególności dotyczącej cząsteczek RNA, z wykorzystaniem narzędzi biologii molekularnej i bioinformatyki. Jego wcześniejsze badania obejmowały również genomikę i mikrobiologię.

Prowadzony przez niego zespół zajmuje się badaniem zależności między sekwencją, strukturą i funkcją RNA oraz białek, a także badaniem oddziaływań pomiędzy tymi cząsteczkami. Badania łączą zastosowania metod teoretycznych i doświadczalnych. W szczególności grupa Janusza Bujnickiego rozwija oprogramowanie bioinformatyczne służące m.in. do przewidywania i modelowania trójwymiarowej struktury RNA i białek RNA. Jest autorem ponad 300 oryginalnych prac w czasopismach naukowych, ponad 20 artykułów przeglądowych oraz rozdziałów w książkach.