Motyw morderstwa Pomimo postawienia zarzutów w sprawie zabójstwa nadinspektora Marka Papały nieznany jest motyw zbrodni. Wskazywanych jest kilka prawdopodobnych powodów, wśród których najbardziej prawdopodobnym jest obawa ujawnienia przez nadinspektora organizatorów międzynarodowego przemytu narkotyków. Proceder ten monopolizowali współpracujący z Edwardem Mazurem gangster Jeremiasz Barański ps. „Baranina” oraz Andrzej Zieliński ps. „Słowik”.
Publicysta Sylwester Latkowski wskazuje na spór rodzinny lub obawę ujawnienia korupcji w strukturach policyjnych związanej z ustawianiem przetargów na zakup sprzętu dla policji. Kolejny możliwy motyw to korupcja przy bezcłowym imporcie milionów ton zboża z Uzbekistanu i Kazachstanu, organizowanym przez Edwarda Mazura, biznesmenów powiązanych z Jeremiaszem Barańskim ps. „Baranina”, Andrzejem Kuną i Aleksandrem Żaglem oraz oficerem rosyjskiego wywiadu Władimirem Ałganowem. Ałganow był przesłuchiwany w sprawie zabójstwa nadinspektora Marka Papały, odmówił jednak odpowiedzi na wszelkie pytania, twierdząc, iż mogą go one narazić na odpowiedzialność karną.