Budowa organów w kościele św. Sulpicjusza i katedrze Notre-Dame w Paryżu thumb|175px|Aristide Cavaillé-Coll na fotografii pochodzącej z roku 1855 Po śmierci ojca, Aristide Cavaillé-Coll założył w 1856 roku własny zakład organmistrzowski. W czasach świetności firmy, każdego roku warsztat Cavaillé-Colla opuszczało średnio około 20 instrumentów. Sukces warsztatu wynikał również z jego zdolności do przyciągania utalentowanych pracowników. W okresie świetności zakład zatrudniał do 75 pracowników.
Cavaillé-Coll regularnie brał udział w prywatnych wieczorach muzycznych ze światowej sławy kompozytorami, takimi jak Camille Saint-Saënsem, Gioachinem Rossinim i Pauline Viardot. Aristide wywarł również znaczny wpływ na całe pokolenie kompozytorów, którzy później stali się znani na całym świecie jako kompozytorzy francuskiej szkoły organowej. Zapoznał z Lemmensem Alexandra Guilmanta i Charlesa-Marie Widora, aby poznali dzieła organowe Bacha i niemiecki kontrapunkt. Pod wpływem Cavaillé-Colla, Widor zastąpił Louisa Lefébure-Wély’ego na stanowisku organisty w kościele św. Sulpicjusza w Paryżu. Pod koniec życia spotkał młodych Louisa Vierne’a i Marcela Dupré.