Zmarł w 1947 roku po dłuższej chorobieHandelsman J., Kaczyński M. Śp. prof. Jan Mazurkiewicz, człowiek i jego dzieło. Polski Tygodnik Lekarski nr 50/51 ss. 1425-1429, 1947Śp. Jan Mazurkiewicz – wspomnienie pośmiertne. Rocznik Psychiatryczny 2/3, ss. 169 (1950). Ceremonia pożegnalna odbyła się na terenie Szpitala Tworkowskiego, który nosi obecnie jego imię. Pochowany jest na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 240, rząd 6, miejsce 18).
Dorobek naukowy Zagadnieniem któremu najwięcej uwagi poświęcił w swojej karierze naukowej było podłoże anatomiczne czynności psychicznej w warunkach fizjologii i patologii. Próby syntezy teorii na ten temat podjął w dwuczęściowej monografii, opublikowanej w dwóch tomach już po śmierci MazurkiewiczaMazurkiewicz J. Wstęp do psychofizjologii normalnej. Państwowy Zakład Wydawn. Lekarskich, 1950Mazurkiewicz J. Wstęp do psychofizjologii patologicznej. Państwowy Zakład Wydawn. Lekarskich, 1958. Trzeci tom, Psychofizjologia w naukach społecznych, pozostał w maszynopisie i nie ukazał się drukiem.