Był autorem koncepcji narządu czołowego, który jest, według niego, „jedynym narządem nerwowym, którego czynność nie ma swego bezpośredniego źródła w działaniu bodźców obwodowych i nie jest reakcją na te bodźce (...) Praca narządu czołowego jest zatem z natury swej w całości intrapsychiczna, wewnątrzkorowa i właśnie dlatego pozostaje w pewnym antagonizmie do wszelkich czynności natury odruchowej, nie jest reakcją, ale jest akcją, aktywnością własną, inicjatywą i postępowaniem najdalszym od odruchów, najbardziej «dowolnym»”Wstęp do psychofizjologii normalnej, tom 1. ss. 252-253. W narządzie czołowym Mazurkiewicz umiejscawiał najwyższe, logiczno-abstrakcyjne psychodynamizmy.
Stany psychopatologiczne tłumaczył uszkodzeniem wyższych neuro- i psychodynamizmów, spowodowanego anormalną ewolucją aktywności psychicznej lub jej dyssolucją. Objawy pozytywne (halucynacje, urojenia) miałyby wynikać z wtórnego do dyssolucji dynamizmów psychicznych czołowych (najsłabiej zorganizowanych, bo najmłodszych ewolucyjnie) wzmożenia działalności niższych pięter uczuciowości, pozostających w związku z pamięcią psychofizjologiczną. Wyodrębnił różne typy dyssolucji: prelogiczną prędką, prelogiczną schizofreniczną, psychonerwicową.