W 1812 roku wojska Napoleona maszerujące na Moskwę wyrządziły wiele szkód kościołowi.
Jesienią 1823 roku osadzono tutaj Jana Czeczota oraz Aleksandra Mickiewicza (brata Adama Mickiewicza), aresztowanych w związku ze śledztwem filarecko-filomackim.
Po powstaniu listopadowym dokonano kasaty zgromadzenia. W gmachach początkowo mieściło się więzienie, a następnie koszary (1838). W latach 1842–1862 kościół był zamknięty, a część jego wyposażenia (ołtarz, ambona) przewieziono do kościoła w Ejszyszkach.
W 1862 kościół został otwarty, ale jego wnętrza już nigdy nie udało się przywrócić do dawnej świetności.
W 1919 po odzyskaniu niepodległości przez Polskę księża misjonarze powrócili do swojego klasztoru. Przez cały okres międzywojenny prowadzili gimnazjum męskie.
Po wojnie kościół został zamknięty, a w gmachu klasztornym urządzono szpital. Wg wspomnień Vladasa Drėmy wnętrza kościoła zostały zniszczone na polecenie litewskiego architekta Jonasa Glemžy.
Niewiele się zmieniło po odzyskaniu przez Litwę niepodległości w 1990 roku.
W 1993 kościół przekazano kurii wileńskiej.