W swoich działaniach politycznych Zelaya nie krępował się zbytnio regułami demokracji. Za pomocą fałszerstw i nadużyć zapewniał sobie regularne zwycięstwa w kolejnych wyborach prezydenckich. Od zagranicznych przedsiębiorców bez skrępowania pobierał łapówki w zamian za przyznawanie im różnych koncesji i przywilejów. Na arenie międzynarodowej podjął próbę podporządkowania innych krajów Ameryki Środkowej. W 1906 roku odmówił wzięcia udziału w konferencji państw środkowoamerykańskich w San José i rozpoczął działania wojenne przeciwko Hondurasowi. Jego wojska zajęły stolicę Hondurasu Tegucigalpę i obaliły rząd tego kraju. Następnie Zelaya skierował się przeciwko Salwadorowi, próbując wywołać w tym kraju rewolucję. Posunięcia te doprowadziły do interwencji Stanów Zjednoczonych, które w 1907 roku zwołały w Waszyngtonie kolejną konferencję państw Ameryko Środkowej, która podjęła rezolucję nakazującą zakończenie wszelkich sporów. Zelaya jednak złamał to porozumienie. Wówczas władze amerykańskie postanowiły poprzeć w Nikaragui konserwatystów i doprowadzić do jego obalenia. W 1909 roku po rozstrzelaniu przez władze nikaraguańskie dwóch amerykańskich najemników, Stany Zjednoczone zerwały stosunki dyplomatyczne z Nikaraguą.