Niestety, już po pięciu miesiącach eksploatacji, w przeciągu jednego tygodnia (od 3 do 10 maja), na skutek tąpnięcia doszło do zgniecenia tunelu na odcinku o długości około 100 m. Dzięki interwencji górników z pobliskich kopalń, tunel przed całkowitym zawaleniem udało się zabezpieczyć drewnianą obudową. Interwencja państwa i pomoc finansowa górnictwa, pozwoliły na odbudowę tunelu. Na czas odbudowy, ponownie uruchomiono odcinek tymczasowy. Zmniejszony został przekrój tunelu, przez co mógł on zmieścić zaledwie jeden tor (a nie dwa, jak pierwotnie planowano). Odbudowę ukończono 20 grudnia 1858 roku, a w tym samym dniu ukończony został również odcinek między Mikołowem a Ligotą i tym samym Racibórz połączono z Katowicami.
1 września 1939 roku, w dniu wybuchu II wojny światowej (dokładnie o godz. 5.09), polscy żołnierze wysadzili tunel. Olbrzymia eksplozja spowodowała zniszczenie dwóch budynków nad tunelem, a na drodze z Raciborza do Rybnika powstała szczelina o długości 2 m. Po zajęciu Rydułtów przez Niemców, już 8 września przystąpiono do prac naprawczych. Odbudowę ukończono jednak dopiero w połowie 1942 roku.