Metropolita Flawian zaangażował się w działalność społeczną i dobroczynną. Zajmował się także budową nowych świątyń. Z własnych funduszy zbudował na terenie Ławry Pieczerskiej cerkiew Zwiastowania, szpital i bibliotekę, której przekazał własny księgozbiór. Drugi szpital z cerkwią św. Serafina z Sarowa założył na terenie Pustelni Kitajewskiej, placówki filialnej Ławry. W 1902 przekształcił Komitet Misyjny przy eparchii kijowskiej w Eparchialną Radę Misyjną, który odpowiadał za propagowanie w eparchii religijno-moralnej literatury.