W XVII wieku wśród wspierających obiekt byli książę Jeremi Wiśniowiecki, Iwan Wyhowski oraz Bohdan Chmielnicki, który oddał pod kontrolę monasteru przeprawę przez Dniepr.

Ponowna przebudowa Cerkiew została całkowicie zniszczona w 1678 w czasie ataku tatarskiego na Kaniów, kiedy zamknęli się w niej ostatni obrońcy miasta. Po tym, gdy kolejne szturmy budynku nie przynosiły efektów, napastnicy spalili cerkiew razem ze wszystkimi znajdującymi się w środku osobami. Po odbudowie cerkiew została przekazana unitom. Z inicjatywy właściciela miasta została przebudowana w stylu klasycystycznym, co zatarło jej pierwotny, staroruski styl. W ręce prawosławnych trafiła ponownie w 1833. W 1861 odbyło się w niej nabożeństwo żałobne w intencji Tarasa Szewczenki przed pochówkiem jego ciała na terenie dzisiejszego Narodowego Rezerwatu Szewczenki w Kaniowie.