Programował też inną, równie drastyczną grę Nekrosoftu, The Troma Project (2001), zanim studio się rozpadło.
Największe uznanie przyniosła mu gra Wiedźmin (2007) zespołu CD Projekt Red, oparta na uniwersum Andrzeja Sapkowskiego, przy której pełnił on funkcję głównego projektanta. Przy adaptacji losów Geralta z Rivii Madej zdecydował się zmienić konwencję fabularnych gier akcji; moralne wybory podejmowane przez gracza miały skutki odroczone w czasie, nie zaś natychmiastowe. Wiedźmin odniósł wielki sukces w Polsce, zdobywając wiele branżowych nagród jako najlepsza gra fabularna i komputerowa roku 2007. Był też dobrze przyjęty za granicą, gdzie jednak kontrowersje rodził sposób przedstawiania relacji miłosnych Geralta z różnymi kobietami (sprowadzających się do kolekcjonowania kart o treści erotycznej). Później Madej pracował w Techlandzie jako starszy projektant poziomów przy komputerowym westernie Call of Juarez: Więzy krwi (2009) i współtworzył scenariusz do Dead Island (2011, wraz z Pawłem Selingerem i Hariskem Orkinem), opracowując fabułę i postaci. Kierował też okresowo studiem Ubisoft Shanghai, gdzie jako dyrektor kreatywny współpracował przy tworzeniu Far Cry 3 (2012) i Far Cry: Primal (2016).