Zduny pozostały miastem biskupim do 1355, kiedy to przeszły w ręce prywatne.
Specyfiką Zdun stało się w następnych skupienie w jednym miejscu kilku samodzielnych ośrodków miejskich. Drugie miasto – Zduny Nowe, zwane również Zdunami Niemieckimi – otrzymało prawa miejskie w roku 1637, a trzecie – Sieniutowo – w roku 1646 (włączone je do Zdun Nowych w 1703 roku). Zduny Niemieckie (Nowe | już z Sieniutowem) wraz ze Zdunami Polskimi (Starymi) zostały połączony aktem z dnia 30 czerwca 1761 r. Akt wystawił ówczesny właściciel Aleksander Sułkowski. Rozkwit Zdun przypada na wieki XVII i XVIII i później jeszcze w drugiej połowie wieku XIX, ze względu na położenie w bezpośrednim sąsiedztwie granicy śląskiej oraz, po 1875 roku, wybudowanie linii kolejowej.
W czasie zaboru pruskiego Zduny należały do powiatu Krotoszyn. Według spisu urzędowego z 1837 roku miasto liczyło 3144 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 672 dymy (domostwa).
W czasie Powstania Wielkopolskiego 1918/1919 w pobliskiej Borownicy toczyły się zaciekłe walki o wyzwolenie Zdun, w których brał udział między innymi Władysław Nawrocki. W czasie II wojny światowej władzę nad Zdunami sprawował Amtskomisar Karl Kambach, a po nim Gustaw Reiman.