wybrać bazy danych piśmiennictwa i rejestry badanych obiektów, ustalić kryteria włączenia i wyłączenia abstraktów, opracować strategię przeszukiwania baz danych i rejestrów). Krytycznie ocenić źródła (np. dokonać oceny wiarygodności publikacji wyników badań, podać listę wykluczonych badań wraz z przyczynami). Zebrać kompletne dane (np. uzyskać kompletne publikacje na podstawie wcześniej włączonych abstraktów, zbadać heterogenność poszczególnych badań, ustalić zasadność stosowania metod statystycznych itp.). Przeanalizować i przedstawić wyniki (np. wykonanie metaanalizy, prezentacja wyników w postaci tabel i grafik). Opracować wnioski (ewentualnie także proponując dyskusję). Poprawić i zaktualizować wykonany przegląd. Przeprowadzając przeglądy systematyczne naukowcy zwykle realizują podane etapy z pewnymi zmianami. Nie we wszystkich przeglądach systematycznych stosuje się proponowane etapy. Proces realizacji trwa zazwyczaj od 12 do 24 miesięcy.
Czas przeprowadzania przeglądu systematycznego zależy od szeregu czynników, takich jak zakres tematu i ilość dostępnych dowodów, a także liczba członków zespołu i ich wiedza specjalistyczna.