Uważany jest za prawdopodobnie najlepszego dowódcę okresu ery militarystów w Chinach.
Po śmierci Yuana w 1916 roku został przywódcą konserwatywnej kliki Zhili i główną podporą niestabilnego rządu w Pekinie. Kontynuował w ten sposób umacnianie swojej pozycji, dołączając do grona najbardziej wpływowych osób w Chinach, miał jednak potężnych wrogów w postaci stojącego na czele Kuomintangu Sun Jat-sena i Czang Kaj-szeka. W 1922 roku pokonał wojska Zhang Zuolina, spychając go do Mandżurii. W ten sposób objął faktyczną kontrolę nad północno-wschodnimi Chinami i zaczął się przygotowywać do zjednoczenia całego kraju na drodze wojny.
Plany Wu pokrzyżował jego brak instynktu politycznego. Sprawując rygorystyczne rządy w 1923 rozkazał stłumić strajk kolejarzy linii Hankou-Pekin, przez co stracił popularność i poparcie społeczne. Wówczas Feng Yuxiang, dotychczas jeden z największych sprzymierzeńców Wu Peifu, przystąpił do Czang Kaj-szeka. O końcu kariery Wu Peifu przesądziła jego klęska w nowej wojnie z Zhang Zuolinem w 1924 roku, kiedy w wyniku porażki w bitwie pod Tianjinem stracił kontrolę nad Pekinem i zmuszony był wycofać się na południe, do prowincji Hubei i Henan.