W 1984 roku grupa kleryków z bractwa rozpoczęła studia teologiczne w Rzymie. W 1986 roku kilku z nich uzyskało święcenia kapłańskie z rąk papieża Jana Pawła II. Członkowie Armii Maryi zostali jednak wkrótce zmuszeni do opuszczenia Włoch z powodu wątpliwości Kościoła rzymskokatolickiego co do głoszonych przez nich poglądów.
W 1987 roku kanadyjski kardynał Louis-Albert Vachon nakazał rozwiązanie Armii Maryi wskazując na rażące błędy w doktrynie głoszone przez zgromadzenie. Kuria Rzymska wszczęła dochodzenie w kwestii poprawności nauk wspólnoty. W 1991 roku Stolica Apostolska uznała, że istnieją podstawy do zawieszenia działalności bractwa.
Od tej pory Wspólnota Pani Wszystkich Narodów została obłożona interdyktem. Nie przeszkodziło to jednak grupie dalej się rozwijać. W 1997 roku mimo kar kościelnych Armia Maryi uzyskała wsparcie ze strony biskupów diecezji Alexandria-Cornwall i Antagonish.
W 2001 roku Konferencja Episkopatu Kanady wydała komunikat stwierdzający utratę przez Armię Maryi katolickiego charakteru.