Od 1383 roku Flandria znalazła się pod panowaniem książąt burgundzkich, którzy przychylniejszym okiem spoglądali na sąsiadującą z Flandrią Brabancję. Każde powstanie w Gandawie było brutalnie tłumione przez władców burgundzkich i wolność miasta była skutecznie ograniczana. Gandawa traciła swoją pozycję w przemyśle tekstylnym na rzecz miast Brabancji, Niderlandów i Anglii. Chociaż widać już było kryzys w wielu dziedzinach, to wciąż miasto czerpało wiele z handlu, swoich przywilejów i dbałości o jakość sieci wodnej w mieście – już w XIII wieku przybył Gandawie kanał Lieve – liczący 45 km, a w XVI wieku, gdy Antwerpia zyskała na ważności, wybudowano w jej kierunku kanał Gandawa-Terneuzen. Jednak mimo tych zabiegów, Gandawa musiała wciąż walczyć o swoją niezależność przeciwko władcom burgundzkim – Filipowi Dobremu (do rebelii doprowadziły wysokie podatki, jednak w bitwie pod Gavere Gandawa poniosła klęskę), Marii Burgundzkiej i Maksymilianowi Habsburgowi. W wyniku nieudanego zrywu, 1492 roku Gandawa podpisała układ pokojowy – Pokój w Cadzand, który ograniczał znacznie jej wolność.