Stowarzyszenie sprzeciwiając się niektórym postanowieniom soboru watykańskiego II odrzuciło reformę liturgii łacińskiej wprowadzoną przez papieży Jana XXIII w 1962 roku i Pawła VI w 1970 roku. Zachowano stary wystrój i ustawienie ołtarza oraz szaty liturgiczne duchownych. Liturgia Kościoła oparta była na Mszale Rzymskim św. Piusa V. Sprawowano ją jednak nie w języku łacińskim, a po francusku. Kościół mimo integryzmu w sprawowaniu liturgii rzymskiej przyjął pewne zwyczaje Cerkwi prawosławnej i Kościołów starokatolickich. Między innymi wspólnota zniosła obowiązkowy celibat osób duchownych, dopuściła rozwody kościelne i błogosławiła sakrament małżeństwa osobom rozwiedzionym. Kościół Maryi Panny od początku swojego istnienia był również otwarty na dialog ekumeniczny. Był członkiem Międzynarodowej Rady Wspólnoty Kościołów (ICCC). Współpracował ze Wspólnotą Taizé.