Notował też 5,13 bloku na 48 minut gry, co go plasowało w pierwszej trójce całej ligi.
Drugi sezon rozpoczął od świetnego meczu przeciwko Minnesota Timberwolves, w którym zdobył 16 punktów, 8 zbiórek, 2 przechwyty i 1 blok. W całym sezonie siedem razy przekroczył granicę 10 zdobytych punktów, a trzy razy 10 zbiórek. Nigdy jednak w tym samym meczu. Łącznie rozegrał w tych rozgrywkach 59 meczów, z czego 3 w pierwszej piątce. Zdobywał średnio 5,2 punktu, 4,6 zbiórki i 1 blok na mecz.
Już w trzecim meczu sezonu 2003/2004 Andersen zanotował pierwsze w karierze double-double. W meczu przeciwko Sacramento Kings zanotował 12 punktów, zebrał 11 piłek i zablokował 7 rzutów rywali. 14 lutego 2004 wziął udział w konkursie wsadów, w którym zajął trzecie miejsce za Fredem Jonesem i Jasonem Richardsonem. Sezon zakończył na drugim miejscu w lidze pod względem średniej bloków na 48 minut, plasując się tylko za Theo Ratliffem. W całym sezonie rozegrał 71 meczów, występując w nich średnio po 14,5 minuty. Zdobywał w tym czasie średnio 3,4 punktu, 4,2 zbiórki i 1,6 bloku.