Architektura Wejście prowadzi po schodach do przedsionka, wzniesionego w XIX wieku. Nad korytarzem zlokalizowane są pomieszczenia dla mnichów. Nawa główna oddzielona jest kolumnami od naw bocznych, które dawniej zdobiły wizerunki świętych. Za XIII-wieczną marmurową amboną znajdują się trzy prezbiteria. Przed amboną wznosi się trzynaście kolumn, reprezentujących Jezusa i dwunastu apostołów. Typowy dla kościołów koptyjskich jest fakt, że jedna z kolumn, reprezentująca Judasza, jest czarna, zaś inna (reprezentująca św. Tomasza) jest szaraEgipt, seria: Przewodnik Pascala, Wydawnictwo Pascal, Bielsko-Biała 2006, str. 186-187.
Renowacja Kościół, podobnie jak inne zabytki znajdujące się na gęsto zaludnionych obszarach i ucierpiał poważnie z powodu zanieczyszczenie powietrza, wysokiego poziomu wód gruntowych, wysokiej wilgotności, wycieku wody z przestarzałych i zniszczonych systemów kanalizacyjnych zainstalowanych 100 lat temu, nie wspominając o trzęsieniu ziemi z 1992 roku, które zwiększyło liczbę pęknięć na ścianach i fundamentach kościoła. Również fragmenty drewnianego sufitu kościoła były mocno zadymione. W 1997 roku Najwyższa Rada Starożytności (SCA) rozpoczęła kompleksowy projekt odbudowy w celu zachowania koptyjskiego sanktuarium w Egipcie i przywrócenia mu pierwotnej świetności.