Wrócił do Czech w otoczeniu Masaryka. Po zakończeniu działań wojennych pozostał w służbie wojskowej jako oficer zawodowy. W latach 1925–1928 ukończył praską Szkołę Wojenną ze stopniem majora. Z końcem 1929 został szefem wywiadu Krajowego Dowództwa Wojskowego w Pradze, gdzie pracował do 1934 roku, gdy w stopniu podpułkownika przeszedł do Sztabu Generalnego na stanowisko szefa sekcji badań oddziału II sztabu generalnego. Latem tego roku udał się do Paryża, gdzie spotkał się z Louisem Rivetem z francuskiej służby wywiadu i płk. Gauchem. Nawiązał również bliskie kontakty z szefem szwajcarskich tajnych służb.
Po zwrocie w czechosłowackiej polityce zagranicznej i podpisaniu układu z ZSRR, latem 1936 roku Moravec podpisał w Moskwie z Siemionem Urickim, szefem wywiadu wojskowego Razwiedupru umowę o wymianie informacji wywiadowczych.
W 1937 roku nawiązał współpracę z Paulem Thümmelem z Abwehry. Thummel przez 5 lat był czechosłowackim agentem pod kryptonimem A-54. W 1938 roku został szefem Wydziału Wywiadowczego.