Instytucjonalnie US Navy zarządzana jest przez Departament Marynarki Wojennej Stanów Zjednoczonych (U.S. Department of Navy), kierowany przez cywilnego urzędnika w randze ministra – sekretarza Marynarki Wojennej (Secretary of Navy), choć od 1947 pozostającego poza ścisłym kierownictwem rządu Stanów Zjednoczonych, tzw. gabinetem (cabinet). Bezpośrednim przełożonym sekretarza Marynarki Wojennej jest sekretarz obrony Stanów Zjednoczonych (Secretary of Defence) podległy prezydentowi państwa. Administracyjny łańcuch dowodzenia tym rodzajem sił zbrojnych w Stanach Zjednoczonych przedstawia schemat.
Najwyższym dowódcą wojskowym United States Navy jest szef operacji morskich (Chief of Naval Operations), któremu podlegają dowództwa niższego rzędu, w tym powołane przez niego dowództwo floty. Strukturę dowództwa floty przedstawia schemat:
Istotną rolę odgrywa dowództwo operacyjne z jego operacyjnym łańcuchem dowodzenia, przedstawionym poniżej:
Pozostałe dowództwa