Poza tłumaczeniami jest autorem traktatów, głównie z dziedziny medycyny ogólnej. Jego prace wywierały ogromny wpływ na świat nauki w Europie, co najmniej do XV w. Jego syn Ishak Ibn Hunajn pomagał mu w tłumaczeniu oraz sam był autorem pewnych prac.
Husajn jest autorem dwóch podręczników dla studentów medycyny. Pierwszym był Masā’il fī al-ṭibb, który był wprowadzeniem do medycyny. Drugim był Masā’il fī al-‘ayn dotyczący zagadnień okulistycznych. Były one napisane w praktycznej formie pytań i odpowiedzi, która to forma wywodziła się z logiki arystotelesowskiej i w czasach Husajna była stosowana w chrześcijańskich i żydowskich dyskusjach teologicznych. Jego podręczniki były oparte na klasycznej teorii medycyny starożytnej o czterech humorach, które wypełniały ludzkie ciało (patologia humoralna). Podręczniki Husajna przetłumaczono na łacinę prawdopodobnie na początku XI wieku i były szeroko stosowanymi w edukacji medycznej aż do XVI wieku. Jego dzieło było wstępną częścią (Isagoge) pierwszego w średniowieczu, 6-tomowego całościowego podręcznika medycyny (Articella). Articella była stosowana w prawdopodobnie pierwszej europejskiej szkole medycznej – włoskiej Scuola Salernitana, a ponadto także na uniwersytetach w Paryżu, Bolonii, Oxfordzie, Montpellier i Padwie.