W 2001 r. prof. Stanisław Balcerkiewicz i dr Maciej Korczyński uszczegółowili koncepcję programową i przestrzenną ogrodu, przedstawiając projekt – „Arboretum – dendroflora wybranych formacji roślinnych świata”. Centralną część nowej ekspozycji zaprojektowano w północnej części ogrodu na rozległym płaskowyżu. Dominują tu gatunki z Ameryki Północnej i Azji. Na realizację tego zadania uzyskano w 2006 r. środki z Unii Europejskiej. Posadzono w sumie 1600 drzew i krzewów liściastych i 180 iglastychKarol Dąbrowski. Arboretum – dla miasta ogrodu. [w.] Kalendarz Bydgoski 2007. Natomiast w 2005 r. na wschodnim stoku Ogrodu powstał ogród motyli, tzn. kolekcja roślin długo kwitnących, która zwabia motyle.
W 2017 r. kosztem 500 tys. zł przeprowadzono remont głównej alei, wymieniając dotychczasową nawierzchnię asfaltową na kamienną kostkęZamiast kruszejącego asfaltu, w Myślęcinku piękna kostka.
Ukształtowanie terenu Ogród cechuje się dużym zróżnicowaniem zarówno pod względem rzeźby terenu jak i budowy geologicznej. To zróżnicowanie jest wynikiem sąsiedztwa Wysoczyzny Świeckiej i Pradoliny Noteci-Warty oraz obecności Strugi Myślęcińskiej, która kształtuje rzeźbę terenu.