25 kwietnia 2000 roku ukazał się dwupłytowy album Skull & Bones. Wydawnictwo podzielono stylistycznie: dysk „Skull” zawierał utwory hip-hopowe, natomiast „Bones” – kompozycje utrzymane w stylistyce rapcore/rock. Singel „Superstar” wydano w dwóch wersjach (rockowej i rapowej).
Latem 2000 roku Cypress Hill odbył trasę koncertową po USA wspólnie z grupą Limp Bizkit, sponsorowaną przez serwis Napster. Występ w filharmonii w San Francisco (16 sierpnia 2000) został zarejestrowany i wydany w grudniu tego samego roku jako album koncertowy Live at The Fillmore.
Nagrody i nominacje Nagroda Grammy RokPrzedmiot nominacjiNagrodaRezultat1994"Insane in the Brain"Best Rap Performance by a Duo or GroupNominacja1995"I Ain’t Goin’ Out Like That"Best Rap Performance by a Duo or GroupNominacja1996"Throw Your Set in the Air"Best Rap Performance by a Duo or GroupNominacja