W 1819 roku na mocy bulli Piusa VII klasztor skasowano. Posługę pełnili tu jeszcze przez pewien czas benedyktyni, a następnie kler diecezjalny. W latach 1852–1865 mieścił się tu dom poprawczy dla tzw. księży zdrożnych. W 1914 roku Austriacy wysadzili wieżę kościelną. Od 1936 świątynia stała się kościołem klasztornym misjonarzy oblatów Maryi Niepokalanej.
16 czerwca 2013 sanktuarium podniesiono do godności bazyliki mniejszej. W 2014 roku ukończono rekonstrukcję kościelnej wieży według projektu autorstwa architekta Władysława Markulisa. 15 lipca 2015 odbudowana wieża została nakryta barokowym hełmem wykonanym z drewna i pokrytym blachą miedzianąhttps://www.youtube.com/watch?v=hEZaSU9Yh4Y&t=827s.
W marcu 2017 rozporządzeniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Andrzeja Dudy pobenedyktyński zespół klasztorny na Łysej Górze został ustanowiony pomnikiem historii.
mały|obraz pędzla Franciszka Smuglewicza (1745-1807) pt. "Św Emeryk"