Pracę tę wykonywał przez trzy lata, następnie w maju 1948 został przeniesiony do Akademii Sztabowej, zaś w lipcu tego samego roku uzyskał awans na majora. Walczył w wojnie izraelsko-arabskiej w 1948. Został wówczas ciężko ranny. .
Po zakończeniu konfliktu został instruktorem w Szkole Administracji Wojskowej, zaś od listopada 1951 ponownie wykładowcą Akademii Sztabowej.
Ruch Wolnych Oficerów thumb|200px|Naser w grupie Wolnych Oficerów (siedzi pierwszy z lewej; dalej Nagib, Amir i Sadat W 1949 Naser znalazł się w komitecie założycielskim organizacji Wolnych Oficerów (nazwę tę przybrała jednak dopiero rok później). W tym okresie utrzymywał kontakty zarówno z członkami partii Wafd, jak i z dawnymi działaczami Młodego Egiptu oraz z działaczem komunistycznym Ahmadem Fuadem oraz z członkami Stowarzyszenia Braci Muzułmanów. Własnych poglądów politycznych nie deklarował jednoznacznie; nadal deklarował przy tym przywiązanie do postaci gen. Masriego.