Kolejne trzy premierostwa W 1860 ponownie znalazł się w rządzie, obejmując ważną tekę sekretarza kolonii w gabinecie John Robertsona. Głównym celem Robertsona było przeprowadzenie reformy ziemskiej, dlatego w styczniu 1861 postanowił skupić się wyłącznie na tej sprawie. Oddał premierostwo Cowperowi, samemu zostając ministrem ds. ziemi. Trzeci gabinet Cowpera wprowadził system współfinansowania przez władze Nowej Południowej Walii kosztów imigracji do tej kolonii wolnych Brytyjczyków (mogli liczyć przede wszystkim na znacznie tańszy lub wręcz darmowy transport do Australii). Całkowicie zakazał też przekazywania jakichkolwiek pieniędzy publicznych związkom wyznaniowym. Przetrwał do października 1863, gdy upadł pod ciężarem oskarżeń o nieudolność w zarządzaniu finansami publicznymi.