Duży wpływ na nieosiągnięcie celów akcji „Burza” miały działania sowieckich służb bezpieczeństwa (głównie NKWD i kontrwywiadu wojskowego Smiersz), wkraczających na ziemie polskie wraz z oddziałami Armii Czerwonej. Dochodziło do aresztowań, rozbrajania i rozstrzeliwań mniejszych oddziałów Armii Krajowej przez NKWD, które dokonało egzekucji żołnierzy AK m.in. w Rozryszczu, Przebrażu, Łozowie i Antonówce. Aresztowanych żołnierzy przymusowo wcielano do Armii Berlinga, a oficerów wywożono w głąb Rosji. Łamano także postanowienia lokalnych porozumień pomiędzy Armią Krajową i partyzantką sowiecką lub Armią Czerwoną.
Po zdobyciu Wilna 13 lipca 1944, przy dużym udziale sił AK okręgu wileńskiego i nowogródzkiego (ok. 5,5 tys. ludzi), dowódcy polscy zostali zwabieni podstępem na „negocjacje”, aresztowani i wywiezieni w głąb ZSRR. W wielkiej obławie pochwycono następnie żołnierzy AK i zgromadzono ich w obozie w Miednikach. Ponieważ odmówili oni wstąpienia do armii Berlinga, zostali wszyscy wywiezieni do obozów w głąb ZSRR, głównie do Kaługi.