Zakończył pełnienie zajmowanej funkcji w następnym miesiącu.
Również w 2004 objął stanowisko dyrektora sportowego w PZN, a następnie sekretarza generalnego związku. W listopadzie 2005 minister sportu mianował go kuratorem PZN. 2 lutego 2006 wybrano go na prezesa tej organizacji; na walnym zjeździe w Krakowie otrzymał 38 na 57 oddanych głosów ważnych. Związkiem kierował do 25 czerwca 2022, kiedy to jego następcą został Adam Małysz. Wyróżniono go następnie tytułem prezesa honorowego PZN.
W 2017 został wiceprezesem Polskiego Komitetu Olimpijskiego, pełnił tę funkcję do 2023. 13 czerwca 2026 został ponownie wybrany prezesem PZN.
Działalność polityczna mały|Apoloniusz Tajner na mistrzostwach świata w Oslo (2011) thumb|Okolicznościowa plakieta i autograf Apoloniusza Tajnera w Alei Gwiazd Sportu w Dziwnowie W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2004 bez powodzenia kandydował z listy Polskiego Stronnictwa Ludowego w okręgu śląskim, otrzymując 7265 głosów.
W wyborach parlamentarnych w 2023 wystartował do Sejmu z ramienia Koalicji Obywatelskiej w okręgu bielskim. Uzyskał mandat posła X kadencji, zdobywając 20 748 głosów.