Historia powstania Pałac został zbudowany w pierwszej połowie XVI wieku przez jeńców pojmanych w czasie wypraw Tatarów na ziemie Rusi oraz obecnej Ukrainy na rozkaz ówczesnego chana Sahiba I Gireja. Prace prowadzone były pod nadzorem osmańskich, perskich oraz włoskich architektów. Wraz z tworzeniem pałacu chan rozpoczął budowę całego miasta Bakczysaraj jako nowej stolicy. Budowę kompleksu zapoczątkowano najprawdopodobniej w 1532 roku. Pierwszym stawianym obiektem był Wielki Meczet Chan-Dżami, który do XVII wieku nazywany był Meczetem Chana Sahib Gireja. Kompleks był wielokrotnie przebudowywany, prawie każdy z chanów zmieniał jego część, dobudowywał nowe lub burzył i budował od nowa inne budynki. W 1736 roku duża część kompleksu została zniszczona przez pożar. Współczesny kształt zachował się właśnie z tego okresu, odbudowy pałacu i większości budynków przez chana Selameta II Gireja.