„Dom Warmiński” współpracuje także z uczelniami wyższymi z regionu. Efektem jest współpraca z Wyższą Szkołą Zawodową „Wszechnica Warmińska” oraz Uniwersytetem warmińsko-mazurskim. Wszechnica Warmińska wspiera naukowo stowarzyszenie oraz przeprowadza tematyczne seminaria podczas imprez organizowanych przez stowarzyszenie. W 2007 roku współpraca zaowocowała wydaniem, nakładem uczelni, książki z cyklu Tożsamość Współczesnej Warmii- „Dom Warmiński” jako markowy produkt rynkowy. Natomiast wraz z Uniwersytetem Warmińsko-Mazurskim „Dom Warmiński” przeprowadził dwa znaczące projekty. Pierwszym jest opracowanie, przy współudziale starostwa powiatowego w Olsztynie, projektu „Warmińska droga krajobrazowa”. W jego ramach przeprowadzono badania oraz przedstawiono koncepcję dróg powiatowych na Warmii z zachowaniem dziedzictwa tzw. „alei krajobrazowych” wzdłuż jezdni.