Kościół św. Mikołaja w Tallinnie (est. Tallinna Niguliste kirik) – kościół estońskiego kościoła ewangelicko-luterańskiego. Jest położony w Tallinnie przy ul. Niguliste 13, u stóp wzgórza Toompea. Nosi wezwanie św. Mikołaja, patrona kupców i żeglarzy. Wzniesiony pierwotnie w średniowieczu, został częściowo zniszczony podczas drugiej wojny światowej. Po odbudowie został przeznaczony na muzeum sztuki; jest także wykorzystywany jako sala koncertowa.
Historia Kościół św. Mikołaja został wybudowany mniej więcej w latach 1230–1275 przez kupców westfalskich, którzy przybyli tu z Gotlandii w XIII w. Wzniesiono wówczas: od strony wschodniej prezbiterium z zakrystią, usytuowaną po jego północnej stronie, trójnawowy korpus świątyni, a także niską wieżę na planie kwadratu od strony zachodniej.