Herosi musieli się zmierzyć z inwazją obcych, nieprawidłowo działającą maszyną wojenną z przyszłości, hordą zbuntowanych aniołów, nowo stworzoną koalicją czarnych charakterów (zwaną jako Kontr-Liga), najemnikami z uzbrojeniem dostosowanym indywidualnie do pokonania każdego z bohaterów, zagrożeniami z kosmosu i rozwścieczonym duchem planety Ziemi. Każdy z bohaterów równocześnie posiadał własną serię komiksową, więc historie często przeplatały się między ich komiksami.
Dzięki nowemu podejściu seria przez kilka lat była najlepiej sprzedającym się tytułem wydawnictwa. W tym okresie DC nie wprowadzało stałych serii pobocznych, ograniczając się do kilku miniserii. Jedynym wyjątkiem była Justice League Elite, ograniczona do 12 numerów.
W 2007 Geoff Johns i Alan Heinberg stworzyli historię zwaną Crisis of Conscience (JLA #115-119) opisującą rozwiązanie Amerykańskiej Ligi Sprawiedliwości. Na końcu historii Superboy-Prime niszczy Watchtower. JLA była jednym z wielu tytułów, których wydawanie zakończono po wydarzeniach związanych z Kryzysem nieskończoności. Stało się to po 125 numerach serii.