W kilku miejscach pojawia się także zmiennokształtny , przybierający wygląd innych postaci, próbujący nabrać Batmana, żeby go oswobodził. W grze miał pojawić się Szalony Kapelusznik, jednak ostatecznie został z niej usunięty. Batman natrafia również na Scarface’a, lalki Brzuchomówcy oraz ciało Rā’s al Ghūla. Wspominane są również takie postacie jak Pingwin, Jack Ryder, Pan Freeze, Dwie Twarze, Kobieta-Kot i założyciel Azylu, Amadeusz Arkham, jednak nie pojawiają się one w grze osobiście.
Fabuła thumb|Logo Arkham Po tym, jak Joker napada na ratusz w Gotham, zostaje złapany przez Batmana i zabrany do Azylu Arkham, gdzie tymczasowo przebywa wielu członków gangu Jokera, którzy zostali przeniesieni do zakładu po pożarze w więzieniu Blackgate. Uważając, że Joker pozwolił się złapać celowo, Batman towarzyszy mu w zakładzie. Plan Jokera wychodzi na jaw, kiedy Harley Quinn przejmuje kontrolę nad systemami bezpieczeństwa, a Joker – wspomagany przez skorumpowanego strażnika – ucieka w głąb Azylu, porywając komisarza Gordona. Joker grozi zdetonowaniem bomb ukrytych wokół Gotham City, jeśli ktoś spróbuje wejść do Arkham, zmuszając Batmana do działania w pojedynkę. Batman śledzi Quinn do placówki medycznej, żeby uratować Gordona, po drodze zostając wystawionym na działanie toksyny strachu Stracha na Wróble.