Tożsamość ta wywołała wiele dyskusji: do którego tekstu Bach napisał wcześniej muzykę, czyli co jest oryginałem, a co kontrafakturą. Biorąc jednak pod uwagę, że tekst muzyki żałobnej jest na bardzo niskim poziomie poetyckim i pozbawiony dobrego smaku, trzeba przyznać rację tym, którzy twierdzą, że cała muzyka związana jest jednak u podstaw z tekstem pasji – tekstem opracowanym niezwykle szczegółowo i starannie.
Z trzech typów Pasji, będących w użyciu za czasów Bacha (czyli Pasji Kantatowej, Pasji Oratoryjnej i Oratorium Pasyjnego), Bach optował za trzecim, z tekstem Ewangelii interpolowanym (tzn. wstawianym) przy pomocy recytatywu, chorałów (którymi były hymny z obrzędów liturgicznych) i innych gatunków (arii, ariosów, chórów), do których teksty są madrygałami lub wolną inwencją poetycką. Tekst biblijny tego dzieła został zatem zaczerpnięty głównie z Ewangelii według św. Mateusza – rozdział 26 i 27. Aby podkreślić znaczenie cytatów z Pisma Świętego, Bach wpisał je do swej partytury kolorem czerwonym, podczas gdy pozostały tekst i nuty kolorem czarnym i brązowym. Do tegoż biblijnego tekstu wspomniany Picander dopisał 28 madrygałowych strof, które Bach opracował muzycznie jako 12 arii solowych, 10 ariosów, 2 arie z chórem, 1 podwójną z chórem i 3 chóry. Dodanych jest też 12 zharmonizowanych chorałów.