W 1596 awansował na dużo bardziej prestiżowe województwo smoleńskie; znów za wstawiennictwem Krzysztofa Radziwiłła, za co dziękował mu w liście. W tym czasie ociepliły się stosunki Abramowicza z wileńskim duchowieństwem katolickim.
Był wybrany prowizorem przez protestancko-prawosławną konfederację wileńską w 1599 roku Józef Łukaszewicz, O kościołach Braci Czeskich w dawnej Wielkiejpolsce, Poznań 1835, s. 185..
W imię wspólnych litewskich interesów wspierał w senacie opór kapituły katedralnej przeciwko objęciu biskupstwa przez koroniarza, przyszłego prymasa Bernarda Maciejowskiego, mianowanego na to stanowisko przez Zygmunta III. Szedł tu ramię w ramię ze swoimi protektorami. Radziwiłłowie birżańscy byli z zasady niechętni ściślejszemu związkowi obu państw.
Żoną Jana Abramowicza była Anna Dorota z Wołłowiczów, rodziny, która pozostała przy prawosławiu, nie akceptując unii brzeskiej. W związku z tym wojewoda miał dobre kontakty i ściśle współpracował ze środowiskiem dyzunitów. Obie grupy religijne pozostawały ze sobą zresztą w dość bliskich kontaktach jako sekowane coraz bardziej w okresie postępującej przy znacznym poparciu króla kontrreformacji. Anna Abramowiczowa była opiekunką i dobrodziejką wileńskich dyzunitów.